Năm 1973 ông lãnh đạo phe quân đội để nắm chính quyền, bằng một cuộc đảo chính ông đã lật đổ tổng thống phe xã hội Salvador Allende và thành lập chính quyền quân đội với sự hậu thuẫn của Hoa Kỳ.

Năm 1974, Augusto Pinochet đã tự bổ nhiệm làm tổng thống và nắm quyền lực trong 16 năm. Ông đã thực hiện cải tổ kinh tế, những người ủng hộ ông cho rằng điều này tạo nên sự phát triển của nền kinh tế vững mạnh của Chile ngày nay, nhưng những người đối lập của ông đã chỉ ra sự gia tăng lớn về thất nghiệp, nghèo cùng với sự giảm sút của đồng lương và có ảnh hưởng ít nhiều đến biểu hiện kinh tế trong dài hạn.

Chính quyền của Pinochet cũng thực hiện chiến dịch Operation Condor (Chiến dịch Kền kền khoang), với chiến dịch này ông xem là cần thiết để cứu đất nước thoát khỏi chủ nghĩa cộng sản. Được lệnh của ông, quân đội Chile đã thực hiện những vụ trấn áp chính trị. Trong các vụ trấn áp chính trị này, hơn 3.000 dân Chile bị nghi ngờ hoặc không tán thành và thuộc phái tả đã bị giết. Tướng Pinochet còn tra tấn hoặc là bỏ hàng chục ngàn người Chile khác vào tù.[22]

Ông này đã bị cáo buộc hàng chục tội danh vi phạm quyền con người và bị quản thúc tại gia, song chưa bao giờ phải đối mặt với toà án do tình trạng sức khoẻ yếu. Cho đến khi ông chết vào năm 2006 có hơn 300 người bị đối xử như tội phạm vẫn tiếp tục phản đối Pinochet về vi phạm nhân quyền và tham nhũng trong thời gian Pinochet nắm quyền. Tổng thống Chile lúc đó là Bachallet tuyên bố rằng bà sẽ không tham dự lễ tang Pinochet tại Trường sĩ quan ở thủ đô Santiago, được thực hiện vào ngày 12 tháng 12 năm 2006.[23]